远缘杂交是创制优良鱼类的重要方法之一，它可以使不同物种的基因组组合在一起，导致杂交后代的表现型和基因型都发生改变。鱼类具有32000多种，是脊椎动物中物种数目最多的类群，许多研究推测鱼类演化与杂交和四倍体化有关，但是缺乏直接证据和系统研究。研究和建立系统的鱼类远缘杂交技术在鱼类遗传育种和生物演化方面具有重要意义。

1. 对草鱼等四大家鱼的繁殖生理进行了系统研究，为其人工繁殖技术突破及广泛应用做出了重要贡献。
2. 在鱼类远缘杂交研究领域做出了国际领先水平成果：在世界上首次研制出源于远缘杂交的四倍体鱼和二倍体鱼品系，建立了用四倍体鱼品系研制优良三倍体鱼、用二倍体鱼品系研制优良二倍体鱼的技术体系，获得了湘云鲫（鲤）、湘云鲫2号、翘嘴鲂、鳊鲴杂交鱼、岳鲤等8个国家级水产新品种，湘云鲫2号等改良三倍体鱼已在全国28个省市推广养殖，产生了显著的经济、社会和生态效益。
3. 在基础理论研究方面，探索出鱼类远缘杂交中双亲与后代染色体倍性关系；首次证明鲫鱼来源于鲤鱼与团头鲂杂交的形成途径；完成了翘嘴红鲌、团头鲂、红鲫等重要经济鱼类的全基因组测序；发现并证明嵌合基因是杂交鱼品系共同的重要遗传特性；在Genome Research、PNAS和BMC Biology等专业期刊发表论文200余篇；出版学术专著《中国养殖鱼类繁殖生理学》和《鱼类远缘杂交》中英文版本；形成了较系统的鱼类远缘杂交理论体系。

一步法育种技术：在双亲染色体数目相同前提下，选育具有杂交优势F₁群体的育种技术。

多步法育种技术：突破生殖隔离难关，建立可育品系并用之制备优良鱼类的育种技术。

雌核发育育种技术：发现用异源精子刺激卵子发育，产生的“异精效应”具有远缘杂交部分功能；提出雌核发育“纯合效应”具有导致遗传改变的观点；提出这两种效应是雌核发育育种中形成遗传变异的观点。